（一）贯彻执行国家、自治区有关水路交通行业、港口管理的法律法规和规章及方针政策，负责提出具体实施意见和建议；负责提出水路交通行业、港口立法计划建议，按照自治区交通厅的部署和要求，组织起草港口、水路交通地方性法规、规章和规范性文件草案。
（二）拟定全区水路交通行业发展规划、中长期发展规划草案；负责提出港口及港航设施使用岸线布局规划建议；编报和下达全区航务建设年度计划；负责对全区公益性水运基础设施总投资1000万元以下项目前期工作的组织实施；负责全区水路交通运输行业、港口统计调查、统计分析及预测、信息服务以及相应的管理工作。
（三）负责全区水路运输和水路运输辅助行业行政管理；承办国内水路运输和国内船舶管理业开业、停业、变更经营项目和经营范围以及新增运输船舶经营资质的审核（批）及发证工作；引导和促进水路运输结构、运力结构的优化；负责上级下达的防洪、抢险、救灾、战备及突发事件等指令性运输计划的组织实施；负责全区水路运输检查站的管理。
（四）根据交通厅授权对全区港口行业进行行政管理。
（五）负责全区航道、航道设施和与通航有关的设施管理；负责协调和指导全区航道、航道设施管理和维护工作；负责拟订航道养护、航标维护、设备维修技术、质量标准和工作制度；负责航道行政执法和其它拦河、跨（过）河、临河、临海建筑物或通航技术问题的审批工作；配合有关部门开展与通航有关的河流综合开发并处理综合利用中与航道有关的事宜。
（六）负责全区民用船舶和船用产品的法定检验、公证检验；承办全区船舶法定检验机构资质认可和验船人员适任资格审核、申报工作；根据授权负责组织编制地方性船舶检验标准及补充规定；负责全区船舶电焊工考试发证工作。
（七）负责全区有关水路交通基础设施项目的建设、管理和监督实施工作；负责组织实施水运工程定额管理的各项职责。
（八）负责全区水路交通规费的征收、稽查和水路专项资金使用管理及监督工作。
（九）负责拟订全区水路交通行业科技教育发展规划草案，负责指导、组织水运技术政策、技术标准、重大科研项目的实施；负责水路交通通讯业务管理。
（十）负责直属单位领导班子、职工队伍和水路交通行政执法队伍建设和管理工作；负责局机关和直属单位机构编制管理、人事、劳动工资、职工教育工作。
（十一）承办自治区交通厅及上级交办的其它工作。